2005年10月12日国家发展改革委、科技部、外交部、财政部联合发布《清洁发展机制项目运行管理办法》，《办法》自2005年10月12日起施行。原2004年6月30日生效的《清洁发展机制项目运行管理暂行办法》同时废止。

《办法》由五大部分组成。

在“总则”中明确，中国政府为促进清洁发展机制项目活动的有效开展，维护中国的权益，保证项目活动的有序进行，特制定本办法。重点领域是以提高能源效率、开发利用新能源和可再生能源以及回收利用甲烷和煤层气为主。清洁发展机制项目的实施应保证透明、高效和可追究的责任。

在“许可条件”中明确，中国境内的中资、中资控股企业可以对外开展清洁发展机制项目。

在“管理和实施机构”中明确，国家气候变化对策协调小组下设立国家清洁发展机制项目审核理事会，其下设一个国家清洁发展机制项目管理机构。国家气候变化对策协调小组为清洁发展机制重大政策的审议和协调机构。国家发展和改革委员会是中国政府开展清洁发展机制项目活动的主管机构。

在“实施程序”中明确了清洁发展机制项目申请及审批程序，在中国境内申请实施清洁发展机制项目的中资和中资控股企业、以及国外合作方应当向国家发展和改革委员会提出申请，有关部门和地方政府可以组织企业提出申请，并提交规定的项目文件。

在“其它”中明确，温室气体减排量资源归中国政府所有，而由具体清洁发展机制项目产生的温室气体减排量归开发企业所有，因此，清洁发展机制项目因转让温室气体减排量所获得的收益归中国政府和实施项目的企业所有。

水泥行业实施低温余热发电属清洁发展机制项目(CDM)，国家已发布有关的管理办法。现实施CDM项目的各方面条件已经成熟。实施CDM项目是利国、利民又利企业的多赢项目。为推动水泥行业CDM项目的有效实施。中国水泥协会将于4月27日在北京召开水泥清洁发展机制项目研讨会。规划实施低温余热发电项目的水泥企业，应积极进入“清洁发展机制项目”。